在正常运行条件下，反渗透膜也可能被无机物垢、胶体、微生物、金属氧化物等污染，这些物质沉积在膜表面上会引起净水设备反渗透装置出力下降或脱盐率下降、压 差升高，甚至对膜造成不可恢复的损伤，物理冲洗已经不能使反渗透膜的性能恢复，因此，为了恢复良好的透水和除盐性能，需要对膜进行化学清洗。
一般3～12个月清洗一次，如果每个月不得不清洗一次，需要改善预处理例如追加**或重新设计膜系统，调整的运行参数。如果1～3个月需要清洗一次，则需要提高设备的运行水平，是否需要改进预处理系统较难判断。
不同的污染物应采用不同的清洗药剂，污染发生时通常不是只有一种污染物，因此常规化学清洗需要包括高PH值清洗或低PH值清洗两大步骤，选用哪种清洗剂进行化学清洗，可以按以下方法判断：
按反渗透进水水质判断；
进行全系统膜元件清洗之前，可以从系统中取出一、两支膜元件，通过进行清洗试验，选择*佳的清洗药品
一般来说，应先采用高PH清洗液清洗油类和微生物污染，然后采用低PH清洗液清洗无机垢类或金属氧化物污染。有时也先酸洗后碱洗，或者只采用一种药剂清 洗，例如地下水源的铁污染，采用简单的低PH清洗即可。
有时清洗液中加入洗涤剂以便去除微生物和有机污染物；有些加螯合剂如EDTA，以便更好地去除胶 体、有机物、微生物和硫酸盐垢，如果选择清洗剂不当，或清洗顺序不当，可能会使污染恶化。
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